在近未来，全息网络技术普及，但同时也出现了名为“未确认现象”的奇异事件。中学生天之河宙，收到了失踪父亲留下的“数码器”，竟能看见平时隐身的数码兽。他结识了胆小的伽马兽，以及同样能看见数码兽的同学。他们发现，网络空间中的数码兽会实体化，并模仿都市传说中的怪物（如裂口女、如月车站）袭击人类。宙和伙伴们必须找出每只暴走数码兽背后的情感缘由，用谈判或战斗来化解危机。这一季不再有庞大的拯救世界任务，而是聚焦于现代都市中的神秘事件和数码兽与人类伙伴的羁绊。
数码宝贝系列的一次大胆转型，更偏向单元剧和都市怪谈风格，悬疑氛围拉满。主角团的互动自然温馨，伽马兽的萌与黑化反差巨大。虽然没有前作热血，但细腻的情感描绘和贴近现实的设定别有风味。