在世纪末的荒野上，拳四郎继续着寻找尤莉亚的旅程。此时，一个自称“神之化身”的势力崛起，他们崇拜科技，领袖是南斗圣拳的完美克隆人——“零”，他拥有超越本体的战斗力和自我复制的能力。零企图用铁血秩序重建文明，并囚禁了掌握重要基因技术的尤莉亚。为了救出爱人并粉碎零的野心，拳四郎必须穿越被改造的死亡都市，面对零制造的无尽克隆军团。当北斗百裂拳对上无限复制的身体，拳四郎领悟了北斗神拳的最终奥义——不仅破坏肉体，更要消灭其存在的信息。一场关于传承、生命与意志的终极对决在方舟要塞展开。
完美继承了原作的硬派画风与暴力美学，打斗场面帧帧爆炸。对克隆主题的探讨赋予了老IP新的深度，最终决战时拳四郎那句“你已经死了”响起，老粉丝绝对会泪洒当场。